Identificar genes mediante la minería de datos

Un servidor web actualizado mejorará el análisis de material genético. Esta capacidad permitirá optimizar bacterias con las que producir a escala industrial nuevos antibióticos, vitaminas y compuestos relacionados con la alimentación.

Los RiPP (péptidos de síntesis ribosomal con modificaciones postraduccionales), un grupo variado de moléculas bacterianas biológicamente activas, han despertado mucho interés gracias a su enorme potencial terapéutico. Si bien poco conocidas, las bacteriológicas, pertenecientes a esta clase de moléculas, se han utilizado con profusión en la industria de la alimentación desde hace varios decenios. La nisina, por ejemplo, es una bacteriocina con propiedades antimicrobianas que se usa como bioconservante en productos lácteos, alimentos enlatados y carnes curadas y que de unos años a esta parte ha ampliado sus aplicaciones al ámbito biomédico.

Los servidores web dedicados a la minería podrían utilizarse para «señalar el origen genético de la actividad antimicrobiana observada y de este modo identificar la estructura química asociada». Para esta labor se emplean algoritmos y técnicas de minería de datos con los que extraer información directamente de la web.

Los investigadores indicaron que BAGEL4 es un servidor web «que permite a los usuarios identificar y visualizar grupos de genes en ADN de procariotas que participan en la biosíntesis de RiPP y bacteriocinas (no modificadas)». Esta información también podría ampliarse a datos de secuenciación de ácidos ribonucleicos. «BAGEL4 se ha actualizado y ampliado con características nuevas; es más fácil de utilizar y permite realizar labores de minería de datos con bacteriocinas y RiPP de forma más fiable, rápida y cómoda».

Uno de los estudios prácticos realizados en el proyecto se dedica a la producción de una generación nueva de antibióticos eficaces con los que combatir infecciones resistentes. «Rafts4Biotech utilizará tecnología de balsas en el desarrollo de antimicrobianos de elevado valor añadido que por lo general no es posible producir debido a su toxicidad».

La misma tecnología se aplicará también a la producción de ß-caroteno y vitaminas A y B para sustituir la producción basada en productos químicos por otra basada en bioprocesos sostenibles que precisan menos temperatura y energía. Otro estudio práctico tratará sobre el control y la eliminación en alimentos y agua potable de contaminantes como el tricloropropano, un disolvente industrial utilizado como agente limpiador y desengrasante.

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